يقوم قسم المختبر بعمل معظم الفحوصات والتحاليل الطبية ومن  أهم التحاليل التي يجري هذا القسم ، تحليل الهرمونات وحالات الأورام ،والكشف عن الإيدز ، وتحليل كيمياء الدم ، وتحاليل أمراض الدم ، وعمل فحص البول والبراز ، وكذلك عمل المزارع في الدم والبول والبراز ، ويشتغل في القسم كوادر أكفاء   كلهم خريجو الجامعات ولديهم شهادات في التحاليل الطبية، ويشرف على فحص التحاليل في هذا القسم أخصائي التحاليل الطبية ، وأستاذ الكيمياء الحيوية ، وتترواح أعداد العينات التي يستقبلها هذا القسم ما بين 150 -  200  عينة في اليوم.